Este artículo versa sobre el sistema agroalimentario de la población del Istmo de Tehuantepec (México), mayoritariamente de origen indígena zapoteca, y su relación con el maíz nativo Zapalote Chico. El objetivo ha sido caracterizar ese sistema y contrastar en qué medida hace posible mantener en la actualidad un grado elevado de soberanía alimentaria. Para ello se ha realizado un extenso trabajo de campo, a través de encuestas a campesinos y consumidores de la región complementadas con entrevistas a informantes clave. Los resultados ponen de manifiesto el porcentaje absolutamente predominante de campesinos del Istmo que cultivan este cereal y su peso decisivo en la dieta de la población (a partir de él se continúan elaborando más de la mitad de los alimentos que conforman la dieta de los istmeños). Además se ha podido constatar la complejidad y diversidad de la gastronomía derivada de este maíz nativo. En conjunto, la investigación realizada muestra que la diversidad de los comestibles elaborados con Zapalote Chico es muy significativa y sigue constituyendo hoy la base de la dieta de la población istmeña, que hunde sus raíces en la tradiciónheredada de la matriz mesoamericana prehispánica. Como resultado de todo lo anterior, la evidencia empírica reunida permite afirmar que este sistema de alimentación, vinculado con un modelo biocultural propio derivado del maíz Zapalote Chico, hace posible mantener en la actualidad un elevado grado de soberanía o autonomía alimentaria de la población del Istmo.